ABSTRACTS
Cédric Vaillant
Comment
la séquence induit le
positionnement des nucléosomes
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Brigitte Hartmann
Propriétés
dynamiques des séquences nucléosomales positionnantes
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Julien Mozziconacci
Modelisation 3D de la fibre de chromatine
A.I. &
Computational biology, Computer Lab, Cambridge University et LPTMC,
UPMC, Paris
Je presenterai les outils à notre disposition pour
modéliser la structure multi-échelles de la fibre de chromatine.
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Amélie Leforestier
Comment analyser
l'architecture du chromosome à l'échelle de la microscopie électronique
?
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Aurelien Bancaud
Structure de la
chromatine et stabilité des compartiments nucléaires: une
étude de
diffusion en milieu fractal
A. Bancaud, S. Huet, N. Daigle, J. Mozziconacci, J. Beaudouin, J.
Ellenberg
Dans la cellule, la
structure de la chromatine est hétérogène avec des régions denses et
peu transcrites (hétérochromatine), et d'autres peu denses et riches en
gènes actifs (euchromatine). Il est souvent admis que
l'hétérochromatine est, du fait de sa forte densité, inaccessible aux
polymérases, ce qui assure son état fonctionnel. En utilisant des
méthodes d'imagerie dynamique, nous proposons de tester cette
hypothèse, et de sonder l'organisation de la chromatine en nous
appuyant sur les modèles d'encombrement moléculaire.
Nous vérifierons trois conséquences liées aux variations de densité
entre hétérochromatine et euchromatine : l'hétérochromatine doit être
le siège d'effets de volume exclu, la diffusion doit y être ralentie,
et les interactions moléculaires y sont stabilisées.
Nous montrerons enfin que tous ces effets sont cohérents avec une
organisation fractale de la chromatine, et nous déduirons des exposants
structuraux pour l'hétérochromatine et l'euchromatine permettant de
prédire la dynamique des protéines dans ces compartiments.
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Emmanuelle Fabre
Chromosome arm length in
yeast interphase determines subtelomeres
positionning and associations
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Christophe Zimmer
Towards image-based reconstruction of
chromosome architecture in
yeast
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Alain Arnéodo
Organisation nucleosomale
des genes de la levure: une regulation fine de la transcription
A. Arnéodo, C. Vaillant, L. Palmeira, G. Chevereau, B. Audit,
Y. d’Aubenton-Carafa and C. Thermes
Laboratoire Joliot Curie
et Laboratoire de Physique, Ecole Normale Supérieure de Lyon
46 Allée d'Italie, 69364 Lyon Cedex 07, France
In
yeast, recent genomewide experimental mappings of nucleosome
occupancy have revealed a patchy landscape characterized by an
alternance of nucleosome depleted regions (NDR), highly organized
regions with a nucleosome repeat length (NRL) of about 165 bp and
fuzzy regions. The mechanisms that control the chromatin pattern at
specific genomic loci ant their coupling to the regulation of
transcription and replication remain to be elucidated. However, at
genes, increasing evidence indicates that the promoter chromatin
architeture specifies to a large extend the strategy of
transcriptional regulation. In this talk, we enlighten new regulation
mechanisms that involve the intra-genic chromatin structure. When
ordering yeast genes by the distance L that separates the first (5’)
and the last (3’) nucleosomes, the resulting 2D map reveals a
strikingly organized nucleosome distribution that results from the
confinement induced by stable nucleosome excluding barriers at both
gene extremities according to equilibrium statistical ordering
principles. Depending on the distance L, we identified successive
« crystal » gene domains where gene chromatin
is characterized by a single bounded NRL, 150 bp < NRL ~ L/N <
210 bp, where N (from 2 to 9) is the number of regularly positioned
nucleosomes. Interestingly, at the transition between the N and N+1
crystal domains, we observed « bistable » genes
with seemingly fuzzy chromatin that actually results from a
statistical mixing of the two successive crystal states, one with a
rather expanded chromatin (NRL ~ L/N) and the other one with a more
compact one (NRL ~L/(N+1)). Finally, we show that, within each
crystal domain, the expression level tends to decrease when the NRL
increases, and that bistable genes, consistently with their dynamic
chromatin, present significantly higher transcriptional plasticity
and sensitivity to disrupting chromatin regulators. Altogether our
results shed a new light on the role of chromatin structure and
dynamics on gene expression regulation.
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Christophe Lavelle
Polymorphisme de la
chromatine: origine et fonction
Une connaissance précise
de la chromatine et de son constituant
élémentaire, le nucléosome, est nécessaire pour espérer progresser dans
la compréhension des différents processus que sont la transcription, la
réparation, la réplication ou la recombinaison de l'ADN chez les
eucaryotes. Il est maintenant évident que, plus qu'un simple porteur
passif de l'information génétique, l'ADN est un véritable acteur dans
la formation et la dynamique de la chromatine, et participe ainsi
pleinement à la régulation des différentes transactions dont il est
l'enjeu. Je discuterai notamment les différentes facettes du
polymorphisme de la chromatine ainsi que la topologie de la fibre de
chromatine.
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Jean-Baptiste Boulé
Structures secondaires
de l'ADN et organisation de la chromatine
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Kathrin Marheineke
Le programme spatio-temporel de
réplication chez le Xénope
Hélène Labit, Irène
Perewoska, Olivier Hyrien, Kathrin
Marheineke
Laboratoire
de Génétique
Moléculaire, UMR 8541, Département de Biologie, Ecole
Normale Supérieure, 46, rue d’Ulm, 75005 Paris ;
marheine @ biologie.ens.fr
La
régulation de
l’activation des milliers d'origines de réplication
pendant la phase S dans le génome eucaryote supérieur
reste relativement inconnue. Il est cependant essentiel pour le
maintien de la stabilité génomique que toutes les
séquences soient répliquées avant l’entrée
en mitose. Dans les embryons précoces de Xénope avant
la MBT, la phase S est très courte et la réplication
démarre à des intervalles rapprochés et sans
spécificité de séquence contrairement aux
cellules différenciées. Nous avons montré par
peignage moléculaire de l’ADN qu’il existe néanmoins
dans le système in vitro de Xénope une
régulation temporelle de la phase S dépendant de kinase
« checkpoint » ATR en absence ou présence
d’un stress réplicatif. De plus nous avons observé
que des grands domaines chromatiniens se répliquent au
même
moment d’un cycle cellulaire à l’autre mais que les
origines sont activées de façon stochastique par
rapport aux séquences au sein de ces domaines. Ceci
impliquerait une régulation épigénétique
de l’activation temporelle des origines au niveau des foyers de
réplication à un moment du développement où la
transcription zygotique est absente.
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Olivier Hyrien
Programme
spatiotemporel de réplication des chromosomes chez l'homme
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